المرحلة الثالثة
منذ ثورة أكتوبر 1964م وحتى انقلاب مايو 1969م
بعد ثورة أكتوبر الظافرة أقام الحزب مؤتمرا تأسيسيا تم بموجبه انتخاب السيد الصادق المهدي رئيسا والأمير عبد الله نقد الله أمينا عاما في نوفمبر 1964م، وخاض الحزب الانتخابات فحصد تقدما كبيرا وكون حكومة ائتلافية مع الحزب الوطني الاتحادي بقيادة السيد محمد أحمد محجوب، الذي واجه مساءلات حول أداء الحكومة من زملائه الوزراء وأعضاء الهيئة البرلمانية عن حزب الأمة ولكنه رفضها وقال إنه مساءل أمام الإمام فقط وتطورت هذه الحادثة لتقود لانشقاق حوالي ثلث النواب وقاعدة جماهيرية مماثلة تدعو لأن يكون إمام الإنصار هو زعيم الحزب الأول وصاحب القرار القاطع فيه. بينما واصل الحزب بقيادته المنتخبة قيادة الحكومة برئاسة السيد الصادق المهدي في الفترة 1966-1967م.
كان أداء الحزب في الحكم تحتها باهرا فاتخذت نهجا قوميا لا حزبيا وخطت خطوات واسعة في حل مشكلة الجنوب مشجعة أعمال لجنة الاثنى عشر وعاقدة مؤتمر جميع الأحزاب، كما حركت الجمعية التأسيسية في اتجاه وضع دستور البلاد الدائم بعد تلكؤ، وكان لها منجزات اقتصادية مقدرة، وكان ذلك الأداء المميز سببا في تألب من ثلاث أحزاب ضدها داخل البرلمان مما حدا برئيس الوزراء لطلب إعادة الثقة بحكومته، وبالرغم من أنه لم ينجح في نيل صوت الثقة ولكنه نال تأييدا داخل البرلمان من عدد اكبر بكثير من تأييده الحزبي فقد وقف لجانبه كثير من المستقلين وبعض الحزبيين الذين فضلوا المصلحة الوطنية على الحزبية فعارضوا مواقف أحزابهم.
وفي النهاية أسقطت الحكومة عبر صوت الثقة في مايو 1967م، وكون الجناح المنشق من الحزب حكومة جديدة برئاسة السيد محمد أحمد محجوب. ثم قاد الحزب انتخابات عام 1968م منشقا مما أسفر عن خسائر باهظة بسبب الانشقاق، وأقنع المتشددين من المنشقين بضرورة وحدة الحزب فجرت مفاهمات تم إثرها توحيد الحزب على أسس القرارات الديمقراطية والمؤسسية وتم إعلان ذلك رسميا في أبريل 1969م. وكرفض للأسس الجديدة قدم رئيس الوزراء حينها السيد محمد أحمد محجوب استقالته مما خلق فراغا دستوريا، وانقض أثناءه الانقلاب المايوي على الحكومة الديمقراطية لتبدأ فترة شمولية قاهرة. القصة الكاملة